polymer-chain-simulation — 高分子链末端距分布模拟
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📐 一维末端距分布(折叠高斯)
# 高分子链:N 个链节,每节均方位移 b²
# 某点 x 处的几率密度(高斯分布):
Ω(x) = √( 3 / 2πNb² ) · exp( −3x² / 2Nb² )

# 末端距 r = |x| ≥ 0,折叠后(半正态):
Ω(r) = √( 6 / πNb² ) · exp( −3r² / 2Nb² )  ,  r ≥ 0

# 均方末端距:⟨r²⟩ = Nb²/3  →  r_rms = b√(N/3)
# 最可几末端距(一维):r* = 0(原点概率密度最大)
参数设置 (1D)
就绪
📊 随机游走轨迹(步数 → 位置 x)
📈 末端距分布 Ω(r)(模拟 vs 理论)
// 统计结果
理论 ⟨r²⟩ = Nb²/3
模拟 ⟨r²⟩
理论 r_rms = b√(N/3)
模拟 r_rms
相对误差
💡 物理意义:
Ω(x) 是高斯分布,r=|x| 折叠后在原点概率密度最大(r*=0)。均方末端距 ⟨r²⟩=Nb²/3,与三维情形的 x 分量 ⟨x²⟩=Nb²/3 完全一致——三维链的每个方向贡献相同,各占总 ⟨r²⟩=Nb² 的 1/3。
📐 三维末端距分布(Maxwell 分布)
# 空间中某点 (x,y,z) 的几率密度(三维高斯):
Ω(x,y,z) = ( 3/2πNb² )^(3/2) · exp( −3(x²+y²+z²) / 2Nb² )

# 对球壳面积 4πr² 积分,得末端距 r 的几率密度:
Ω(r) = 4πr² · ( 3/2πNb² )^(3/2) · exp( −3r² / 2Nb² )  ,  r ≥ 0

# 最可几末端距:r* = b√(2N/3)  (令 dΩ/dr = 0 求得)
# 均方末端距:⟨r²⟩ = Nb²  →  r_rms = b√N
# r=0 处 Ω(0)=0,因为球壳面积 4πr²→0
参数设置 (3D)
就绪
🧬 三维链构象(XY 与 XZ 双投影)
📈 球壳末端距分布 Ω(r)(模拟 vs 理论)
⚖️ 一维 vs 三维 Ω(r) 对比(理论曲线,归一化)
// 统计结果
理论 ⟨r²⟩ = Nb²
模拟 ⟨r²⟩
理论 r* = b√(2N/3)
模拟最可几 r*
理论 r_rms = b√N
相对误差
💡 物理意义:
三维分布 Ω(r) 乘以球壳面积 4πr²。原点处 Ω(r=0)=0(面积为零), 随 r 增大,面积增长与高斯衰减竞争,在 r* = b√(2N/3) 处出现峰值。 这是高分子链团的最自然构型尺寸,也是熵弹性的物理根源。
📚 核心公式推导脉络
## 1. 一维高斯几率密度
Ω(x) = √( 3/2πNb² ) · exp( −3x²/2Nb² )
   # 对 x 积分归一化:∫Ω(x)dx = 1

## 2. 一维末端距(折叠高斯,r=|x|≥0)
Ω(r) = √( 6/πNb² ) · exp( −3r²/2Nb² )  r ≥ 0
   # r* = 0  |  ⟨r²⟩ = Nb²/3  |  r_rms = b√(N/3)

## 3. 三维空间几率密度(各向同性高斯)
Ω(x,y,z) = ( 3/2πNb² )^(3/2) · exp( −3(x²+y²+z²)/2Nb² )
   # = Ω(x)·Ω(y)·Ω(z),三方向独立,各贡献 Nb²/3

## 4. 三维球壳积分→末端距分布(Maxwell)
Ω(r) = 4πr²·( 3/2πNb² )^(3/2) · exp( −3r²/2Nb² )
   # r* = b√(2N/3)  |  ⟨r²⟩ = Nb²  |  r_rms = b√N

## 5. Boltzmann 熵
S(r) = k·ln Ω(r) + const = −3k·r²/(2Nb²) + const

## 6. 熵弹性回缩力(类胡克定律)
f = −T·dS/dr = 3kT·r / (Nb²)
   # k_eff = 3kT/Nb²,正比于温度 T → 越热越硬
一维 vs 三维 关键量对比
维度 几率密度函数 最可几 r* ⟨r²⟩ r_rms
1D √(6/πNb²)·exp(−3r²/2Nb²) 0 Nb²/3 b√(N/3)
3D 4πr²·(3/2πNb²)^(3/2)·exp(−3r²/2Nb²) b√(2N/3) Nb² b√N
📉 熵 S(r)、Ω(r) 与回缩力 f(r) 曲线(三维,N=100, b=1,归一化)
💡 为什么熵弹性像弹簧?
S(r) = −3k·r²/(2Nb²) + const,对 r 求导得线性回缩力 f = 3kT·r/Nb², 与胡克弹簧 f=kr 形式完全一致。关键区别:弹性系数 k_eff = 3kT/Nb² 正比于温度 T。 这意味着橡皮筋越热越"硬",与金属弹簧(能量弹性,越热越软)截然相反, 是高分子材料区别于金属的根本特征。
终端
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0 chains Python 3.11